Il Dipartimento è stato intestato al Prof. Giovanni Moruzzi (1904-1990) in quanto fondatore della Scuola Biochimica Bolognese e Professore Ordinario di Biochimica chiamato a ricoprire nel 1942 la prima cattedra di Chimica Biologica presso la Facoltà di Medicina e Chirurgia istituita dal Ministero della Pubblica Istruzione. La sua intensa attività scientifica nel campo della Biochimica Nutrizionale e dei fattori di crescita naturali, gli permise di formare una numerosa Scuola di Allievi e di Ricercatori sparsi in tutta Italia.
Il Dipartimento si è costituito dalla confluenza degli Istituti di Chimica Biologica (Facoltà Medicina e Chirurgia) - Direttore Prof. C.M.Caldarera; Chimica Biologica (Facoltà Farmacia) - Direttore Prof. C.A. Rossi; Biochimica (Facoltà Medicina Veterinaria) - Direttore Prof. R. Viviani e della Cattedra di Chimica e Propedeutica Biochimica (Facoltà Medicina e Chirurgia) - Direttore Prof. A. Bertoluzza.
Questa aggregazione ha consentito di riunire e razionalizzare in un unico Dipartimento la maggior parte delle ricerche che si svolgevano negli Istituti separati, determinando così una distribuzione geografica del Dipartimento su più sedi.